總有機碳分析儀在正常運行的過程中，其界面會顯示流量過小、流量為零和流量過大的報警提示，這時樣品分析無法進行下去，說明其氣路出現了故障。總有機碳分析儀氣路故障通常有氣路堵塞和漏氣這兩種故障，要判斷該儀器是否發生氣路故障，可通過拔掉氧氣進樣口這種最直接的方法，測量進樣口的流量，來判斷其是否發生故障。根據正常流量值，再按儀器氣路圖的順序一一排查氣路的漏氣點后者堵塞點。

針對總有機碳分析儀氣路堵塞故障，可先考慮故障是否是因為電磁閥不工作導致的，打開分析儀與計算機，再打開氣路圖，逐一檢查相對應的電磁閥是否能正常工作，如果能正常工作，則不是電磁閥引起的故障，最后再利用總有機碳分析儀自帶的檢漏功能逐級排查氣路的運行方向。

針對總有機碳分析儀漏氣故障，可先檢查固體反應器中是否有固體送樣杯，并仔細檢查反應器的水平鐵片是否牢牢固定，若還未恢復正常，可檢測儀器氣路上全部的接口處或者螺母的墊片，檢查是否是由于墊片出現老化或者密封性不佳而導致發生漏氣現象，如果還無法排除故障，可打開分析儀和計算機，并點開儀器氣路圖，利用自帶檢漏工具逐級排查氣路是否發生漏氣。

總有機碳分析儀在剛開始安裝時必須良好接地，并配上穩壓電源，以防在電網不穩定的情況下，或者出現一些干擾信號時，使得總有機碳分析儀不能正常工作，甚至毀壞儀器。